农产品收购发票进项税是指企业从农民手中购买农产品时，根据农产品销售发票或收购发票上注明的金额乘以税率来计算进项税额。然而，具体的计算方式和抵扣规则可能因不同情况而有所不同。
一、以增值税专用发票上注明的金额和9%的扣除率计算进项税额
增值税一般纳税人购进农产品时，可以凭借农产品销售发票或收购发票来计算进项税额。具体的计算方法为将发票上注明的农产品买价与9%的扣除率相乘得出税额。
二、农产品销售发票与增值税普通发票的区别
在计算进项税额时需要注意农产品销售发票与增值税普通发票的区别。只有票面上带有“增值税专用发票”字样的发票才能抵扣进项税，而普通发票则不能抵扣进项税。
三、凭自行开具的农副产品收购发票计算抵扣进项税
企业向农业生产者个人购进的自产农产品，可以使用自行开具的农副产品收购发票来计算抵扣进项税。农产品收购发票是指收购单位向农业生产者个人开具的收购农产品的发票。
四、不同情况下的进项税计算方式
1. 一般纳税人从农业生产者购进免税农产品时，可以按照农产品销售发票或收购发票上注明的农产品买价和11%的扣除率来计算进项税额。
2. 对于发票或收购发票上注明的农产品买价和9%的扣除率的情况，税额的抵扣没有时间限制，也不需要在综服平台上进行勾选。
五、具体会计处理
根据农产品收购发票进项税的计算方式，可以进行相应的会计处理。借方为原材料等科目，金额为发票注明金额减去13%后的值；贷方为应交税费科目，具体为应交增值税(进项税额)。
农产品收购发票进项税的计算方式包括根据发票注明金额乘以相应税率、使用自行开具的农产品收购发票计算抵扣进项税等。对于不同情况下的税额抵扣，需要根据具体情况进行合理处理，并进行相应的会计记录。了解并正确计算农产品收购发票进项税对企业的财务管理具有重要意义。